Dans la première saison:
Leur histoire a commencé d'une mauvaise manière! Nathan avait besoin de cours parce qu'il avait des difficultés à l'école et puis surtout pour agacer son demi-frère: Lucas. Donc, il demande à Haley de devenir sa tutrice, au début elle refuse, mais très vite elle change d'avis à deux conditions : petit un, Lucas ne doit rien savoir de leur arrangement et petit deux, Nathan doit arrêter d'embêter Lucas. Il accepte...
Lucas apprend très vite cet arrangement. Et forcément, il le prend très mal. Haley lui dit qu'elle a accepté pour lui et non pour aider Nathan....
Haley et Nathan deviennent amis très vite et vu sa séparation avec Peyton, ils se rapprochent.
Haley tombe sous le charme de Nathan et avoue à Lucas qu'il lui plaît! Il n'est pas très content et finit par lui demander de faire attention! ...
C'est le début d'une belle histoire d'amour....
A la fin de la saison, on apprend avec surprise qu'ils sont mariés!!!
Dans la deuxième saison:
Tout n'est pas rose pour les jeunes mariés. Debbie et Dan n'acceptent pas ce mariage,les parents de Haley quitte la ville, Chris va tout chambouler, va permettre à Haley de vivre sa passion et d'enregistrer des chansons. Elle part en tournée avec les Wreckers mais Nathan lui mettra un ultimatum : la tournée ou lui. Elle partira, Nathan vit très mal cette situation. Dan arrivera à pousser Nathan à signer les papiers du divorce. Haley, revien pour lui quand il a son accident mais Nathan l'en empêche et Dan lui amène les papiers signés. (Haley a signer je t'aime) Elle rentrera quand même lors du dernier épisode.
Dans la troisième saison:
Quand Haley rentre à Tree Hill avant les vacances, Nathan se montre froid avec elle : il lui annonce qu'il part pour High Flyers. Nathan ne porte plus son alliance mais malgré tout, elle reste près de son coeur. Nathan, rappelle Chris et le paye pur qu'il aide Haley. Nathan et Haley passent la nuit ensemble mais à son réveil Haley est seule dans le lit. Lorsque Jimmy prend Haley en otage, Nathan retourne dans le lycée pour la sauver. Il se retrouve finalement coincé avec elle. Après la mort de Keith, Nathan comprend que la vie est trop courte, il veut revivre avec Haley. Nathan profite du week-end dans le chalet de Rachel pour demander Haley en mariage. Ils renouvèlent leur voeux devant leur proches. Malheureusement, à la fin du mariage, Haley se retrouve seule sur le pont appelant Nathan qui vient de sauter pour secourir Cooper et Rachel...
Dans la quatrième saison
Nathan survivra dans l'accident. On apprend qu' Haley est enceinte de Nathan, lui est un peu sous le choc, mais Naley restera fort et surmontera bien sur encore cette épreuve.
Nathan empruntera de l'argent à Daunte, ce qui lui amène des ennuis. Nathan ne veut plus être dans l'affaire de Daunte, demandera à Nathan de perdre le dernier match de Withey (pour ne plus avoir de dettes) mais il va tout de même menés les Ravens à la victoire.Daunte, voulant se venger, provoque un accident dans lequel la victime sera Haley. Haley se réveillera du coma peu de temps après l'accident, et n'aura pas perdu le bébé! Plus tard elle apprendra par l'intermédiaire d'une cassette que Nathan et Brooke ont couchés ensemble dans le passé, blessée et furieuse elle demandera à Nathan une liste de toutes ses anciennes conquêtes. Nathan ne pourra rien faire d'autre que d'accepter. Il fera deux listes une avec toutes ses conquêtes et l'autre sur les femmes dont il est tombé amoureux, une seule personne est sur cette liste et bien évidemment c'est Haley, elle acceptera ses excuses et acceptera même d'aller au bal avec lui.
Durant ce fameux bal, Nathan préfère amener Haley sur le toit du Karen's café, il lui lit sa prédilection et il lui propose de danser. Elle lui dit que sa jambe lui fait un peu mal, alors Nathan la prend dans ses bras et la fait danser.
Une semaine plus tard, toute la bande se retrouve à Honey Grove ( Micro s'est retrouvé coincé là bas et toute la petite bande à décidé d'aller l'aidé), Durant la remise des diplômes, et pendant son discourt Haley va ressentir ses premières contractions, une nouvelle aventure attend les deux tourtereaux. Haley accouchera alors d'un magnifique James Lucas Scott, Nathan sera aux anges. Quelques semaines plus tard le couple se retrouva dans une fête, et on apprend que le parrain et la marraine du dernier Scott sont Lucas et Brooke. Plus tard dans la soirée, Haley inquiète pour son fils demande à Nathan de la ramener, mais Deb s'occupe très bien de leur fils et elle leur demandera de retourner à la fête car ils aurons tout le temps de s'occuper de leur enfant. Ils retournent donc auprès de leurs amis, à la fin de la soirée toute la bande se retrouvera sur le terrain de basket là où tout à commencer, Haley jouera contre Nathan et elle lui fait une promesse de lui faire ce qu'il veut si il lui laisse le ballon, Nathan lui cède le ballon sans plus attendre, et elle réussira même à mettre quelques paniers, sous le regard amoureux de Nathan...
